臺北市立中山國民中學：設有普通班、特殊班、體育班、學習資源班，另附設補校。

校長項下設教務處、學生事務處、總務處、輔導室、會計室、人事室等 3 處 3 室。

【校長室】：綜理全校業務。
【教務處】：辦理課程教學、學籍管理、實驗研究與教學設備等業務及其有關事項。
【學務處】：辦理學生活動、生活輔導、生活教育、衛生保健及體育活動等業務及其有關事項。
【總務處】：辦理校內公物維修管理、校舍及財產管理、環境綠美化、公文及檔案管理等業務及其有關事項。
【輔導室】：辦理學生學習及生涯發展輔導、特殊教育等業務及其有關事項。
【會計室】：辦理歲計、會計等業務。
【人事室】：辦理人事管理業務。
【補  校】：辦理補校業務。